Poravnanje sekvenci

Poravnavanje sekvenci ili potravnjanje sekvenci, u bioinformatici, je obrazac raspoređivanja sekvenci DNK, RNK, ili proteina, u cilju identifikacije sličnih regija koje mogu biti posljedica funkcijskih, strukturnih, ili evolucijskih odnosa između sekvenci.^[1] Poravnate sekvence nukleotida ili aminokiselina se tipski prikazuju kao redovi u matrici. Praznine se umeću između ostataka, tako da se identična ili slična slova poravnavaju u uzastopnim kolonama.

Poravnavanje sekvenci dva ljudska proteina cinkovog prsta, proizvedeno programom ClustalW. Boje aminokiselina]: Crvene: male, hidrofobne, aromatske, ne Y. Plavr: kisele. Ljubičaste: bazne. Zelene: hidroksilne, aminske, amidne, bazne. Sive: ostale. "*": identične. ":": konzervirane zamjene (ista boja grupe). ".": polukonzervirane zamjene (sličnog oblika).^[2]

Poravnavanje sekvenci se isto tako koristi za sekvence koje nisu biološke prirode, kao što su sekvence u prirodnim jezicima ili u financijskim podacima.

^ Mount DM. (2004). Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis (2nd izd.). Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY. ISBN 0-87969-608-7.
^ "ClustalW2 FAQs".

[mount-1] Mount DM. (2004). Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis (2nd izd.). Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY. ISBN 0-87969-608-7.

[2] "ClustalW2 FAQs".

[1]

[2]